Technique de PCR

PCR est l'abréviation de l’expression anglaise Polymerase Chain Reaction ou Réaction en Chaîne par Polymérase (le terme français équivalent : Amplification en Chaîne par Polymérisation ou ACP, est rarement utilisé).

Elle permet d'obtenir, à partir d'un échantillon complexe et peu abondant (par exemple une goutte de sang), d'importantes quantités d'un fragment d'ADN spécifique et de longueur définie. L'ordre de grandeur à retenir est celui du million de copies en quelques heures. C'est, généralement suffisant pour une utilisation ultérieure.

Le principe et les conditions expérimentales qui en découlent sont très simples : il s'agit de réaliser une succession de réactions de réplication d'une matrice double brin d'ADN. Chaque réaction met en œuvre deux amorces oligonucléotidiques dont les extrémités 3-prime pointent l'une vers l'autre. Les amorces ou «primers» en anglais définissent alors, en la bornant, la séquence à amplifier.

L'astuce consiste à utiliser les produits de chaque étape de synthèse comme matrices pour les étapes suivantes, au lieu de les séparer afin de ne réutiliser que la matrice originale. Au lieu d'être linéaire, l'amplification obtenue est exponentielle.

Imaginée par K. Mullis en 1985 (Prix Nobel dès 1993), la technique connaît un essor considérable à partir de la commercialisation (vers 1988), d'une ADN polymérase résistante aux températures élevées (la Taq polymérase), qui permet une automatisation de la technique.

Les trousses actuelles présentent à la fois une bonne sensibilité (> 95%, c’est-à-dire moins de 5% de faux négatifs) et une bonne spécificité (> 95%, c’est-à-dire moins de 5% de faux positifs).


D'autres méthodes d'amplification génique existent :

  • TMA (Transcription Mediated Amplification) (molécule amplifiée : ARN)
  • SDA (Stand Displacement Amplification) (molécule amplifiée : ADN)

 

Pcr1   

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Pcr2

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Exemple de prélèvement pour recherche d​e chlamydia trachomatis par PCR

Le diagnostic d’une infection à chlamydia est effectué actuellement en isolant le Chlamydia par la confirmation de la présence de l’ADN spécifique à la bactérie (son code génétique) dans un échantillon cervico-vaginal ou urinaire.

La PCR est donc une méthode de détection directe qui consiste à confirmer (ou non) la présence de la bactérie dans le milieu biologique analysé.

 

1. Chez la femme :

- La recherche de chlamydia trachomatis se fait habituellement au niveau du col : à l'aide d'un bactopick par rotation de 10 secondes d'un geste appuyé afin de récupérer suffisamment de cellules.

Eviter le prélèvement à la cytobrush qui fait saigner le col et gène la technique PCR (une cervicite rend le col fragile et le saignement n'est pas toujours évitable).

- Un prélèvement au niveau de l'urètre après retrait du spéculum à l'aide d'un bactopick peut être réalisé : l'association urètre + col est le prélèvement qui donne la meilleure sensibilité.

Le prélèvement d'urètre doit être fait avec délicatesse pour éviter des brûlures désagréables après le prélèvement.

- La recherche de Chlamydiae dans les urines de premier jet est possible mais elle n'est pas encore reconnue pour remplacer le prélèvement cervical chez la femme.

Un échantillon d'urine chez la femme est intéressant et souhaitable pour rechercher une leucocyturie associée.

 

2. Chez l'homme :

Les techniques de PCR permettent aujourd'hui d'éviter un prélèvement urétral chez l'homme pour une recherche de chlamydia trachomatis.

- Il est indispensable par contre de récupérer des urines de premier jet, et plus particulièrement les urines du matin.

- Si un prélèvement urétral est réalisé, il faut demander systématiquement un échantillon d'urine pour rechercher une leucocyturie.

L'interrogatoire doit faire décrire des signes d'urétrite: brûlures mictionnelles, prurit du méat, prurit urétral, écoulement urétral matinal.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Principe de la PCR

 

 

 

 

 

 

 

 

Polymerase Chain Reaction (PCR)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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Date de dernière mise à jour : 11/07/2018